A 2.46M reads/s Genome Sequencing Accelerator using a 625 Processing-Element Array

Zhehong Wang, Tianjun Zhang, Daichi Fujiki, Arun Subramaniyan, Xiao Wu, Makoto Yasuda, Satoru Miyoshi, Masaru Kawaminami, Reetuparna Das, Satish Narayanasamy, David Blaauw

研究成果: Conference contribution

1 被引用数 (Scopus)

抄録

We present an accelerator for seed-extension, a critical and computational intensive step in genome sequencing. The accelerator consists of a triangular array of 25×25 custom design processing elements implementing a string-independent automata. It achieves 2.46M reads/s, a 1800x performance improvement, and 27x smaller silicon footprint compared to a Xeon E5420.

本文言語English
ホスト出版物のタイトル2020 IEEE Custom Integrated Circuits Conference, CICC 2020
出版社Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
ISBN(電子版)9781728160313
DOI
出版ステータスPublished - 2020 3月
外部発表はい
イベント2020 IEEE Custom Integrated Circuits Conference, CICC 2020 - Boston, United States
継続期間: 2020 3月 222020 3月 25

出版物シリーズ

名前Proceedings of the Custom Integrated Circuits Conference
2020-March
ISSN(印刷版)0886-5930

Conference

Conference2020 IEEE Custom Integrated Circuits Conference, CICC 2020
国/地域United States
CityBoston
Period20/3/2220/3/25

ASJC Scopus subject areas

  • 電子工学および電気工学

フィンガープリント

「A 2.46M reads/s Genome Sequencing Accelerator using a 625 Processing-Element Array」の研究トピックを掘り下げます。これらがまとまってユニークなフィンガープリントを構成します。

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